Βρίσκεται στο ιστορικό κέντρο της πόλης (Χατζηκώστα 21), σε μια περιοχή που ονομαζόταν «Τουρκοπάλουκο» και η παράδοση τοποθετούσε εκεί την αρχική θέση κατοικίας των πρώτων Τούρκων της πόλης. Μετά το κίνημα του Διονυσίου το 1611, οι περισσότεροι χριστιανοί εκδιώχθηκαν από το Κάστρο και πολλοί κατοίκησαν στις ήδη υπάρχουσες συνοικίες. Κάτω από αυτές τις συνθήκες, οι χριστιανοί των Ιωαννίνων έλαβαν άδειες να επεκτείνουν τους παλιούς Ναούς, αλλά και να κτίσουν καινούριους. Ένας απ' αυτούς ήταν και ο Άγιος Νικόλαος της Αγοράς.

Στα 1820, λόγω της σύγκρουσης του Αλή Πασά με τον σουλτάνο ο ναό καταστράφηκε. Ανοικοδομήθηκε για δεύτερη φορά γύρω στο 1830 με χρήματα που έστειλαν οι αδελφοί Ζωσιμάδες από τη Μόσχα. Όμως, όπως αναφέρεται στην αλληλογραφία των Ζωσιμάδων, τα χρήματα αυτά «εξωδεύθησαν κακήν κακώς, η δέ Εκκλησία αποπερατώθη ύστερα ετι χρημάτων του αειμνήστου Χατζηκώστα».